好氧性微生物污水處理菌種利用水中的溶氧（DO），將有機污染物質分解成水和二氧化碳，或轉化為污水處理微生物的營養(yǎng)物質，并利用這些養(yǎng)分進行繁殖，其過程正好可以降解污染物質，達到除污除臭的目的，此種處理法稱為好氧性處理，利用較多的就是活性污泥法。

通用厭氧性污水處理微生物是在沒有溶氧的環(huán)境下將硝酸鹽還原（利用硝酸鹽中的氧），進行脫氮反應，使其產生氮氣，此種方法廣泛運用于含有氮氣的廢水處理。而酸生成菌（通用厭氧性微生物）常用于厭氧微生物污水處理工法中的前期酸化反應。

厭氧性生物處理是利用酸生成菌進行酸化反應，將污水中的醣類或蛋白質分解成單醣類、胺基酸或低級脂肪酸（有機酸）。再以醋酸生成菌（厭氧性微生物）將污水中的單醣類、胺基酸或有機酸分解成醋酸。較后再以甲烷生成菌（厭氧性微生物）分解醋酸生成甲烷。

多數的污水處理微生物以污染物為食，比如碳水化合物類、蛋白質類和脂肪類等污染物，都能被各種污水處理微生物分解，使其成為自身生長繁殖的養(yǎng)分。而利用光合細菌和芽孢桿菌等，能將惡臭氣體硫化氫轉化成自身生長所需要的硫元素，進而達到除臭的目的。

微生物污水處理菌種本身具有的多糖類黏性物質，能利用來吸附環(huán)境中的污染物，此種特性常被運用來對重金屬離子的吸附。

菌種經過特殊微生物污水處理菌群進入到污水中時，會成為環(huán)境中的優(yōu)勢菌，能抑制病原菌和腐敗菌的生長，比如乳酸菌等成為優(yōu)勢菌后，就能抑制環(huán)境中大腸桿菌等的生長，從而減少氨氣等臭味的產生。